Prelatur Opus Dei dikelola menurut ketentuan-ketentuan hukum umum Gereja, menurut konstitusi apostolik Ut sit, dan menurut Statuta Opus Dei (kode hukum yang secara khusus berlaku bagi Opus Dei). Kode Hukum Kanonik 1983 menetapkan ketentuan dasar untuk prelatur pribadi dalam kanon 294-297.
Seorang Prelat adalah Ordinarius dari sebuah Prelatur. Prelat Opus Dei dan para vikaris yang mewakili beliau memiliki kekuasaan hukum (yurisdiksi) dalam Opus Dei. Saat ini, Prelat Opus Dei adalah Mgr. Fernando Ocáriz, Vikar Jenderal adalah Mgr. Mariano Fazio, dan Vikar Sekretaris adalah Mgr. Antoni Pujals. Kantor Curia dari Prelatur Opus Dei terletak di Viale Bruno Buozzi 73, 00197, Roma, Italia.
Para imam dari Prelatur Opus Dei sepenuhnya berada dibawah wewenang Bapa Prelat. Prelat Opus Dei menugaskan kepada para imam itu pelayanan pastoral, yang mereka laksanakan dengan mengikuti secara cermat semua pedoman pastoral dari keuskupan di mana mereka tinggal. Prelatur Opus Dei menanggung kebutuhan finansial dari para imam Opus Dei. Anggota awam Opus Dei juga berada dibawah wewenang Prelat Opus Dei dalam segala hal yang berkaitan dengan misi spesifik dari Prelatur Opus Dei. Umat awam anggota Opus Dei berada dibawah otoritas sipil (negara) sama seperti warga negara lainnya, dan berada dibawah otoritas gerejawi sama seperti umat Katolik awam lainnya.
Kepemimpinan dalam Prelatur Opus Dei bersifat kolegial. Prelat Opus Dei dan para vikar melaksanakan pekerjaan mereka dibantu oleh dewan-dewan, yang sebagian besar terdiri dari kaum awam. Dewan untuk bagian wanita adalah Dewan Penasihat Pusat dan untuk bagian pria Dewan Umum; keduanya berkedudukan di Roma.
Setiap delapan tahun biasanya diadakan Kongres-kongres umum Prelatur Opus Dei. Kongres-kongres ini dihadiri oleh para anggota dari negara-negara tempat Opus Dei berkarya. Dalam kongres-kongres ini karya Prelatur Opus Dei dipelajari, dan kemudian diusulkan arahan-arahan untuk kegiatan pastoral untuk tahun-tahun berikutnya yang disampaikan kepada Bapa Prelat. Dalam kongres tersebut, Bapa Prelat menunjuk anggota-anggota dewan yang baru.
Prelatur Opus dibagi menjadi wilayah atau daerah yang dinamakan 'regio'. Setiap regio, yang batas wilayahnya bisa sama atau tidak sama dengan batas negara tertentu, dipimpin oleh vikar regional dan dua dewan: Dewan Penasihat Regional untuk wanita dan Komisi Regional untuk pria. Beberapa regio dapat dibagi lagi menjadi beberapa ‘delegasi’. Dalam batas-batas wilayahnya, sebuah delegasi memiliki organisasi kepemimpinan juga: seorang vikar untuk delegasi dan dua dewan.Di tingkat lokal, ada pusat-pusat Opus Dei. Pusat-pusat ini untuk menyelenggarakan karya pembinaan dan karya pastoral bagi para umat anggota Prelatur yang tinggal di wilayah itu. Ada pusat-pusat Opus Dei bagi para wanita dan ada pusat-pusat bagi para pria. Setiap pusat Opus Dei dikelola oleh dewan lokal, yang dipimpin oleh seorang awam (direktor), dan setidaknya dua anggota lagi dari Prelatur Opus Dei. Untuk pelayanan imamat bagi para anggota di suatu pusat Opus Dei, ordinarius dari Prelatur Opus Dei menugaskan seorang imam dari clerus-nya.
Tidak ada jabatan untuk seumur hidup, selain dari jabatan Prelatus Opus Dei.
Semua anggota Prelatur Opus Dei menanggung kebutuhan pribadi dan keluarga mereka masing-masing dengan hasil dari pekerjaan mereka. Selain menutup biaya hidup mereka sendiri, para anggota Opus Dei dan para kooperator juga menanggung segala biaya yang dibutuhkan dalam melaksanakan pelayanan pastoral Prelatur Opus Dei. Pengeluaran ini pada dasarnya adalah biaya-biaya untuk hidup dan pembinaan clerus Prelatur Opus Dei, untuk kuria Prelatur dan untuk biaya kantor di setiap daerah atau delegasi, dan juga untuk amal yang dilaksanakan oleh Prelatur Opus Dei. Para anggota Opus Dei masing masing juga berkontribusi pada gereja-gereja lokal, paroki, dll.
Prelatur Opus Dei tidak ikut campur dalam persoalan-persoalan temporal yang dihadapi oleh para anggota umat awam, karena misi Opus Dei semata-mata bersifat spiritual. Setiap anggota bertindak dengan penuh kebebasan dan tanggung jawab pribadi, dan Opus Dei tidak memperlakukan keputusan-keputusan para anggota sebagai keputusannya. Statuta Opus Dei menetapkan bahwa dalam hal-hal yang berkaitan dengan aktivitas profesional, sosial dan politik, masing-masing anggota Prelatur Opus Dei, dalam batas-batas ajaran Katolik tentang iman dan moral, memiliki kebebasan penuh sama seperti umat Katolik lainnya. Yang berwenang dari Prelatur Opus Dei bahkan harus dengan sungguh-sungguh menghindari memberi nasihat dalam hal-hal tersebut (profesional, sosial dan politik).